I 1260 ved det glorværdige slag ved Montaperti blev florentinerne slået på flugt, og sieneserne vandt 10 års kulturel overmagt, som var med til at skabe universitetet og de barmhjertelige broderskaber. Det oplyste 24-mands råd, en slags magtfordeling mellem adelen og arbejderne, fulgtes af nimandsrådet, et fåmandsvælde bestående af købmænd, der herskede i Siena indtil 1335. Selv om moderne historikere dømmer ”de ni” som egoistiske og udsvævende, var det i deres tid, at de smukkeste kunstværker blev bestilt og udført, deriblandt Campoen, Palazzo Pubblico og Duccios Maestá.

Den gamle republik overlevede til 1529, da forsoningen mellem paven og kejseren afsluttede striden mellem guelfer og ghibelliner. De belejrende spaniere nedrev bytårnene, der var symbol på både frihed og broderskab – og så brugte de stenene til at bygge den nuværende fæstning. Det endelige slag mod Republikken kom med Karl 5.s og Cosimo 1.s langvarige belejring af Siena i 1554.

Efter Sienas nederlag overlevede ”eksilregeringen” i Montalcino indtil 1559, men Siena by blev opslugt af det toscanske hertugdømme. Som et upålideligt medlem af det toscanske imperium lukkede Siena sig inde i sig selv indtil vort århundrede.